Экспозиция "Ботаника"

В настоящее время ботаническая экспозиция Ковчега представлена 180 видами и сортами растений. Среди них представители тропической, субтропической зон, а также растения пустынь. Коллекция постоянно пополняется новыми экземплярами и видами, проводятся лекции, занятия, введены различные игровые моменты, размещены интересные факты о растениях.

Экспозиция "Беспозвоночные животные"

Данный зал знакомит с многообразием беспозвоночных животных. В центре внимания неизменно остаются «пугающие» одним только названием - пауки-птицееды и великие мастера маскировки - палочники. Периодически в экспозициях одни виды заменяются другими, имеющимися в коллекции отдела.

Экспозиция "Ихтиология"

В настоящее время на экспозиции «Водный мир» представлена большая коллекция рыб, здесь можно насладиться созерцанием их неспешного образа жизни.

Экспозиция "Орнитология"

В зале представлена коллекция птиц, располагаются экспонаты с различными птичьими гнёздами: сороки, сорокопута жулана, дрозда дерябы и певчего, зяблика; их посетители могут рассмотреть с близкого расстояния, чего невозможно сделать в природных условиях. Экспозиционная витрина «Птицы Ярославской области» помогает на основе краеведческого материала заложить интерес к изучению и исследованию родного края.

Экспозиция "Териология"

В териологической экспозиции представлено многообразие мелких и средних млекопитающих, относящихся к различным классам. Содержатся как экзотические млекопитающие, населяющие Африку, Азию, Центральную и Южную Америку, Австралию, так и звери местной краевой фауны, виды Красной Книги Ярославской области.

Экспозиция "Животные контактного сектора"

Здесь посетители могут увидеть с близкого расстояния кроликов, морских свинок, черепах. Особенно интересно на экспозиции детям, которые только познают мир животных.